距离那场夏令营结束已经过去了四年。如今的小智已经到达了十岁，明天正是他们出发旅行的日子。
小智道：“皮卡丘，滚球兽，你们准备好了没有，明天我们就要开始旅行，同时我们也要和千年兽对抗了。”
“皮卡丘”皮卡丘很是的兴奋已经做好准备了。
滚球兽：“没问题，千年兽就交给我们来对抗。”
花子走上来道：“小智，你跟谁说话呢，明天就要去出发了还不睡觉。”
小智：“我知道了，我这就睡。”说完立刻躺在那床上，滚球兽在一旁装成了布偶。
第二天
小智慌忙起床：“遭了遭了，迟到了。”连衣服都没来得及换，直接穿着睡衣跑了出去。
到研究所后小茂正准备出发：“呦，这不是小智嘛，第一天就迟到，真是有你的。我已经拿到杰尼龟了，你就在后面当我的衬托哈！”说完和美女军团坐着豪车出发了。
大木博士走过来：“啊，小智你来了，第一天就迟到，真是的，宝可梦都已经被领完了。”
小智道：“没关系呀，我有皮卡丘就够了，对不对？”
大木博士道：“你和皮卡丘感情真好，进来。”
进入研究所之后，大木博士把图鉴和精灵球交给了小智其中有三颗精灵球和普通的精灵球不一样下面是一样的白色，可是上面全是鲜艳的蓝色，上面还有一个英文字母D
大木博士：“这个呢就是精灵图鉴，它可以自由记录你所遇到的宝可梦。然后呢，精灵球你可以用来捕捉宝可梦，对了对了，还有世界上好像出现了很多会说话的宝可梦，经过调查之后发现他们和普通的宝可梦不一样，所以我们研发了特殊的精灵球专门用来捕捉他们，也就是这种D-精灵球，好了，现在你出发。”
小智接过来：“谢谢，大木博士。”
小智从研究所出来之后发现他花子还有真新镇的居民都在这里一番寒暄之后小智踏上了旅行。
遥远的卡洛斯地区的朝香镇。
莎莉娜道：“妈妈，那我出发啦。”
咲儿：“路上小心噢，记得先去密阿雷市找布拉塔诺博士拿宝可梦图鉴和精灵球之后再去关东哦。”
密阿雷市
看起来有点儿年轻，嘴角上有点儿胡子的，穿着白大褂的男人正在这里等着。
布拉塔诺博士：“我已经等你很久了，那么你要选择哪一个呢？”
莎莉娜道：“我早就决定了我要火狐狸，接下来就请多指教啦。”
火狐狸直接跳上了莎莉娜的肩膀。
布拉塔诺：“这个是精灵图鉴，还有精灵球，另外的三颗是特殊的D-精灵球，是专门用来收服那种新发现可以说话的宝可梦，还有，这是去关东的机票，我已经和大木博士打过招呼了，你收服了宝可梦之后会自动传送到大木博士那里。”
莎莉娜接过东西放入背包说了声谢谢后就想着机场走去。
黑暗空间
“可恶的皇家骑士，还有那个阿尔宙斯，怎么到哪里都有阻挠我的存在。哼！等我的伤好了之后，我非要让我他们算账不成，哼，不过现在还是想办法让七魔王们再一次重现比较好，又要动用力量了。”千年兽一边说着一边散发出黑雾，黑雾渐渐形成了七个黑影，“去吸收人类的负面情绪，再一次降临，我的亲信，七魔王们。”
七个黑影前往了七个地区，在骑着地区的中间，吸取着那个地区所有人的负面情绪。但守卫者各地区的传说中的宝可梦谁也不知道这件事，包括在超克空间的阿尔宙斯都没有察觉，因为千年兽的黑雾似乎阻挠了他们的感觉。
关东地区的一号道路。
小智和皮卡丘以及进化后的亚古兽正与烈雀群战斗着。
因为他们在出发的时候不小心惊动了一只烈雀，结果那只烈雀却叫来了一大堆帮手围捕他们，在这场战斗中，滚球兽成功进化成了亚古兽。
“小型火焰！”“小型火焰！”
“皮—卡—丘”亚古兽和皮卡丘不停的释放着绝招，将烈雀击退，但击退一波又来一波两只的体力逐渐消失了。
小智道：“可恶，没完没了！”
这个时候一道火焰直接命中，烈雀，同时一只巨大的宝可梦把一人两只带到了背上，然后飞上了天空。烈雀们惊慌失措地逃离。
而在后面的一个骑脚踏车的少女，看到这一幕后吃惊：“那个难道是...凤王”
小智用波导之力与凤王，沟通：“呼，凤王，真是多谢你了，不过你怎么会过来的？”
风王心灵感应：(呵呵，察觉到了气息，所以过来看看，没想到张过来就看见你这一幕，真是的，真不知道该怎么说，前面就是城市了，我要是进入的话肯定会引起骚动，所以我就只能把你送到这儿喽，这个是我的羽毛，有了这个，你就可以得到我的祝福。)凤王把小智送到了离常磐市不远的地方，同时一根彩虹色的羽毛交到了小智的手上。
凤王：再见了！！
小智和皮卡丘亚古兽向着凤王告别。
亚古兽：“呼，累死了，我先回暴龙机里休息了，没什么事不要叫我，开饭了再把我叫出来。”说完直接进入了暴龙机。
小智：“走，前面就是常磐市了，和莎莉娜汇合之后再说。”
常磐市的门口小智被君莎给拦住了。
君莎：“站住，请出示你的身份证件。”
小智拿出图鉴：“这个精灵图鉴是赠予真新镇的小智，希望他将来能够成为著名的宝可梦大师，大木博士。”
君莎道：“嗯，确认完毕，那天因为最近出现了宝可梦失踪的事件。你们要小心，还有皮卡丘可不擅长初始宝可梦。”
小智道：“没问题，我和皮卡丘是一长大的，对？”
“皮卡！”皮卡丘在肩上点了点头。
君莎道：“你们的感情真不错呢，让我送你们去宝可梦中心。”
小智道：“不用，我已经和朋友约好了在常磐市见面。”说着谢过了君莎进入了常磐市
常磐市内莎莉娜正在到处乱撞：“宝可梦中心到底在哪里呀？”
小智刚进入没多久就看见了她：“莎莉娜这里！”说着跑了过去
莎莉娜也向小智跑去：“小智”
两人汇合之后一起前往了宝可梦中心。
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