关东地区真新镇
“妈妈，我吃完了，大木博士的夏令营就要开始了，我走了。”一个活泼的男孩说道。
“小心一点啊。”一个美丽的妇女说道
真新镇的空地上一位刺猬头的少年正站在那里等候着他，看见他终于来了说道：“哼，你来的真慢呢小智，本少爷已经在这里等候你很久了，还以为你会迟到呢。”
小智：“哪里会迟到，不是刚好来吗？”
一个穿着白色大褂，面容很慈祥的老人对着两人说着：“好啦好啦，你们两个快点过来集合啦，我们要出发啦！”
两人停止了斗嘴，向着老人的方向跑去。登上了大巴车。
行驶了大约半小时后，大巴车在森林的某个地方停了下来，所以决定在这里举行夏令营。
待孩子们都下了车之后老人道：“咳咳，先自我介绍一下，我的名字叫做大木，或许你们应该都很清楚，这里呢就是我们这一次夏令营的举办地点，这个地方很安全，现在开始的一个星期内，我们要在这里举行夏令营，不只是一场普通的夏令营，希望大家可以多多观察认识野外的宝可梦。好了，话不多说，但还是要注意安全，现在解散。
说完之后，孩子们立刻跑开，开始了玩耍。
小智好像受到什么感应似的向着森林的方向走去，发现了一只皮丘。
一人一兽对视着，明明是刚刚见面确认为彼此似乎有一种某种特殊的羁绊似的，两人很快打成了一片，这个时候一只路过的蚊香蝌蚪，踩着两人的逃跑着，于是两人开始追逐着，蚊香蝌蚪。
森林的另一段一个戴草帽的女孩子在这里一个人行走。
女孩：“你们在那里，这里有人吗？”女孩一边说着一边发抖，眼角里还有泪水。很明显是迷路了。
这时蚊香蝌蚪都从他的身边经过，让女孩膝盖擦伤了。同时女孩慌张坐在了地上，看着自己的伤口坐在地上哭了起来还说道：“所以说人家最讨厌，夏令营了，妈妈，呜呜...！”
这个时候草丛里又冒出了声音，让那个女孩非常害怕。
“蚊香蝌蚪，你在哪里快点出来。”
“皮丘，皮丘”
这正是小智和皮丘，他们很快扒开了草丛发现了，坐在地上的女孩。
小智：“你在这里做什么，我叫做小智，你呢？”
莎莉娜道：“我叫莎莉娜，我的腿受伤了，好痛哦！”
小智道：“我来帮你。”小智，拿出来一张毛巾将那个女孩的伤口包裹住。伸出了手将那个女孩拉了起来，那个女孩因为重心不稳，一下子扑倒在了小智的怀里。
两人结伴想着森林出口走去，但是就在这个时候，两人发现了两颗蛋在前方。
小智拿起一颗蛋说道：“这就是宝可梦蛋吗？而且还是两颗奇怪，怎么附近没有他们的父母呢？”
莎莉娜拿起另一颗蛋：“难道说他们是被遗弃的？”
这个时候两颗蛋开始动了起来，小智手里的是一个类似兔子一样的生物，有一张大大口。莎莉娜手里的是一个球，头上有一个角，这个时候两只数码兽身上发出了光。同时他们两人被一束光笼罩着
两人再次睁开眼睛的时候，发些自己站在一个白色的空间里面，前有一个人，身边还有一只白色的半人马。
小智拉着莎莉娜的手问道：“请问你们是谁啊？这里是什么地方？”
阿尔宙斯：“我的名字是阿尔宙斯，这里是我的超克空间，你们不需要担心。我们把你们带来是有件事要告诉你。”
莎莉娜问道：“请问是什么事？”
龙道：“先自我介绍一下，我的名字是御世龙，我希望你们能够帮助我打倒千年兽。”
小智道：“千年兽？是新种宝可梦吗？我从来没听过诶。”
御世龙摇摇头：“哦，千年兽不是宝可梦，他是数码兽，所谓数码兽就是数据所结合在一起形成的生命体的存在。和宝可梦很类似，你们手中的就是数码兽，你手中的叫做滚球兽，那个女孩子手上的叫做独角兽。”
小智道：“你叫滚球兽嘛，你好滚球兽，我叫小智。”
滚球兽：“你好！”
莎莉娜惊讶道：“他会说话，那你是不是也会说话呢？独角兽，我叫莎莉娜。”
独角兽：“你好，莎莉娜，我的名字是独角兽请多指教。”独角兽说着，脸上还有两片红晕。
御世龙：“好了，自我介绍就到这里，现在听好，千年兽是从人们的内心的黑暗中所诞生出的最邪恶的存在，我们一直在与千年兽对抗着，但是千年兽，却跑到了这个世界，按照规定，我们是不可以干涉其他事件的。所以我们只能拜托给你们，这两只数码宝贝合体，进化后的奥米加兽是对抗千年兽的存在，他们已经选择了你们作为他们的搭档，所以希望你们能够带着他们去击败千年兽，他们现在虽然很弱，但是经过了锻炼后，他们能够变得更强，就能够进化，可以吗？可以拜托给你们吗？”
小智道：“啊，没问题，拯救世界啊，好，就让我未来的宝可梦大师做这件事。”
莎莉娜道：“小智，你怎么就随便答应，那我们现在什么都还不懂呢。”
御世龙道：“没关系，这段时间，我会告诉你们关于数码兽的事情，还有这件事除了你们二人之外不要告诉任何人，这这个是暴龙机，有了它，你们就可以察觉到数码兽们的资料，同时还可以把数码兽们放进去。注意不要被人发现。”
小智道：“为什么？”
御世龙道：“因为我们担心有人知道这件事会利用数码兽。”
阿尔宙斯道：“我们从你的身上感受到了和他们不一样的存在。所以说我们决定相信你。我会一直关注你的，同时我也会让所有传说中的宝可梦关照你。”
御世龙道：“好了，你们也该回去了，等你们想见我的时候就来到这个地方，用你们的暴龙机对着天空喊着转移，你们就能来到了。”说完俩人就回到了原地。
之后他们两个返回了夏令营营地，但是被大木博士说了一顿，因为两人擅自行动。不过，大木博士看见小智身上的皮丘的时候就很高兴了，想要去摸摸它，但是结果却被一个电击电麻了过去。
夏令营的第一天就这么过去了。
就这样，命运之子和数码宝贝相遇了。千年兽究竟会有什么样的阴谋呢？
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