乔胜元和晶会合后就直接参与到小桐博士的研究当中，他就是基地反叛组织的领导人，大约还有七名研究员和他一起在这座魅奈神山中隐藏着，他们在这里利用克罗诺斯相同的设备相同的技术，希望有朝一日能将这座庞然大物掀翻。但组织的恐怖实力，兽神将们的强悍，使得他们之前的行动已失败而告终，则也使得他们原本有近五十人的团队变成了今天的局面，原本他们已经不抱希望了，但最近由于凯普战士的高光表现，他们才得以看见一丝曙光。
最终决定由他和卷岛带着连接设备进入遗迹飞船内部，晶在外边保护众人的安全，原本晶也要进入，但乔胜元则以自己无牵无挂，而他还要照顾父亲、瑞纪等人为由强行把他留在外边。
反叛组织经过数十年的努力，根据从克罗诺斯组织其他地区分部得到的信息，汇总解析后得到了这种遗迹飞船的构造图，现在就需要乔和卷岛成为凯普进入飞船内部，因为他们相信战胜克罗诺斯组织的关键就在飞船内，因为能压制兽化兵的凯普战甲的初始单元就是从遗迹内部得到的。
整个遗迹飞船呈不规则的梭型，下端长有四个支撑，三个推进装置和一个能量转换装置，内部应该为多层蜂窝状构造，乔胜元和卷岛要到达位于中心的控制室寻找他们想要的答案。
当他们二人带着通讯设备达到遗迹的外壁时，乔胜元和卷岛的凯普控制装置都发出了一种亮光，而遗迹外壁随着这种亮光，慢慢的软化，就像冰块融化了一般，形成了一个一人高的洞口。
通过设备观察到这一现象的众多研究员都被深深的震撼了，小桐博士也是一脸激动的说道：“果然和我想的一样，殖装者可以通过自己的意志进入遗迹内部。其实，遗迹的外壳虽然很坚韧，但并非牢不可破，问题在起外壳后的组织，他们是由许多层叠加形成，工程机械在进行切割时，每一层都会分泌不同的溶解液，无论什么样材质的设备总是会被腐蚀破坏。但这些溶解液对生物的溶解程度相对就比较低，所以研究员都认为兽化兵更适合进入遗迹内部进行现场调查，结果投入了数万的兽化兵，但大部分都在突破外壳下的组织被溶化掉了，就算突破了这些皮下组织和溶解液进入了内部，当他们返回时还要经过这些，最终仅仅剩下一名兽化兵将凯普的初始单元带来回来，还没有来得及汇报，他就在众人面前溶解了。但如果是凯普的话，如果是和以前遗迹飞船的成员已将的殖装者凯普的话，自然是顺利的通过。”
乔胜元和卷岛行进了大约三四百米后来到一堵生物墙前，它就像肌肉包裹的墙壁一般，然后他们的身后通道也像肌肉收缩一般关闭起来，他们被困在了中间。
突然从他们的头顶裂开数十个孔洞，大量的液体倾倒而下，不到一分钟就将没过了二人的头顶，监控室当中晶、哲郎焦急的大喊，让他们赶快退出了。
“大家不用担心，似乎不是毒液和溶解液。”卷岛通过对讲机向他们解释道。
接着之前挡住他们的肉墙，就像盛开的花朵一般慢慢的打开了，这时众人才真正的看见了遗迹内部的样子。
到处是纵横交错的管子，生物肠壁一般的大厅，周围充斥着液体，仿佛置身在海底一般，乔胜元发现他们进来时的肉墙又不见了，墙壁上回复如初，没有一丝的缝隙。
“或许这个遗迹飞船本身就没有固定的出入口，依照穿上强殖装甲的生命体的意志，而打开出入口形成通道，面对从外边强行闯入的入侵者，多层的组织就会分泌溶解液组织敌人入侵。小桐博士，我们现在在什么位置？”卷岛不亏是学生会首脑，仅仅观察了一会就发现了端倪，然后又询问外界他们具体的位置。
“那里应该是多层组织下的一块果肉状的小隔间，估计是居住区或者库房一类的空间。”小桐博士观察了一会说道。按着目前的方向继续前进，就是遗迹飞船的中心，那里应该有控制中心或者舰桥才对。
“明白了，胜元君，我们继续。”卷岛自此和反叛组织会合后，信心在慢慢的回复，初次见面时的贵族公子哥的气质又恢复了。
不一会儿，他们就来到一个特殊的空间，像一个库房一般，地上有一个奇怪的装置，像花瓣一样，上面都有一个和眼熟的三角形凹槽。
“这是凯普的单元装置安放的地方。”乔胜元突然想起来，这个三角形和组成碰到的那个装着凯普的单元很像。
“是的，凯普单元应该就是从这里找到的，兽化兵也只是走到这里。”小桐看着监控画面说道。
“不过中间这里是不是有什么东西被取走了？”卷岛突然指着中间的位置说道。
“那是什么我并不知道，但研究神秘物件的白井博士应该知道，而他是吉欧的人，说不定这个和凯普单元有关的东西已经落到了他的手中。”博士简单的分析得出了骇人的结论。
如果那件东西真的在他手上的话，对我们就极为不利了，那我们就只剩下控制遗迹一个办法了。卷岛喃喃自语到。
“不管怎么样都要先找到控制室，我估计就在这个空间的下面。”小桐指示到。
乔胜元和卷岛头顶的控制金属再次闪烁，地面开出了一个大洞，二人顺着洞口来到了一片很大的区域，很空旷，周围是一些圆形、菱形的结构，一直延伸到顶部，地面中心位置鼓起了一大块，像是一个小桌子一样。
乔胜元环顾四周也没有找到任何有关类似操作台一样的东西，正当他在胡思乱想的时候，他们的金属控制器有闪起了亮光，这时周围墙壁上那些圆形、菱形的组织也开始发出亮光，而遗迹外的监控中心的研究员通过相关仪器发现，遗迹的生命反应正在急速上升，沉睡了数万年的遗迹飞船似乎要醒来了。
天花板和地板上都出现了一个类似凯普头顶的控制装置，它们开始发光，在他们中间出现了闪电进而出现了强光。卷岛和乔胜元仿佛失重了一样被那束强光吸了过去。这时卷岛潜意识的集中精神控制要不的重力控制装置，而乔胜元似乎有点措不及防被吸了过去，他头顶的金属控制装置也仿佛接收到什么指令一样脱离了出来。
监控室的众人和卷岛都倒吸一口气，以为乔胜元要被凯普吞噬的时候，哲郎焦急的喊着让卷岛救人，而小桐的话帮手足无措的卷岛解了围。
“这看起来并不是遗迹发动的攻击或陷阱，你们看，线状的光束链接了胜元君的控制金属和上下两个金属球。而控制金属直接连接着只装着的脑，这么一来，胜元君应该能够凭借意志来启动遗迹飞船。”
而乔胜元却在朦胧间看到了一大群遗迹飞船降落在一片蛮荒的地方，看到了这里生物变化的历史，看到许许多多的生物，开看到了人类的诞生，看到了兽化兵的出现，变迁历史，看到了凯普战士大战，看到他被一种武器击中后的死亡等等，忽然他听见了小桐博士的声音。
“胜元君，你目前的状况应该是借由你的金属控制器而与遗迹的中枢控制装置连接在一起了，我想远古的降临者们应该也是用这种方式控制飞船的。”小桐博士略带颤抖的声音响了起来。“你现在应该也可以用自己的意识来控制遗迹，对了，从刚才开始遗迹外部就很不稳定，所以我建议你尽快控制它，否则我们这里就会坍塌。”
乔胜元努力的思考着如何去控制时，仿佛天生的一般，他看见了遗迹中的一切，飞船的构造，以及飞船上的能源脉络。他看到了飞船正通过下端的能量装换器在吸收地心的热能。
“晶、哲郎，我能操控这艘飞船，但他现有能量非常上，现在正在吸收岩浆中能量，预计三个小时候就能充满，到时候就可以冲出基地，魅奈神山实验基地也就倒此为止了。”
众人听到此话高兴的跳了起来，但他们不知道的是接下来事情的走向完全出乎了众人的意料。
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